在早期教会的神学体系中，并在改革宗传统中持续被确认的，是这样一个信仰告白：耶稣基督是独一的神圣位格，祂同时拥有两个完整而不同的本性，即神性与人性。每种本性都具备其本质所需的一切特性，其中之一就是意志。因此，既然基督具有人性和神性，祂就必然拥有神圣的意志与人性的意志。这并不意味着祂是两个位格，而是说明祂是一个位格，拥有两种本性，每种本性按其本质自然地运行。
这个看似矛盾的问题，其实可以用一个重要的神学原则来澄清。这是由教父，特别是马西莫（Maximus the Confessor）所阐明，并被第三次君士坦丁堡大公会议（主后680–681年）所确认的教义：意志是本性的属性，而非位格的属性。换句话说，是“本性”拥有意志，不是“位格”。既然永恒的上帝之子，也就是三一真神中的第二位，取了完整真实的人性，祂就同时取了有理性的人的灵魂与人的意志。这个属于人性的意志并没有被神性吸收、取代或压制，而是被保留下来，作为祂人性的真实组成部分，并与神性联合在一位格one person耶稣基督里面真实地、毫不混乱地结合。这正是迦克墩大公会议（主后451年）所定义的基督论核心：“不混乱、不改变、不分割、不分离”。
圣经中最清楚支持这一教义的，是主耶稣在客西马尼园中的祷告：“父啊，你若愿意，就把这杯撤去；然而不要成就我的意思，只要成就你的意思。”（路22:42）这段经文中，耶稣将祂人性的意志与天父的旨意区分开来。这并非悖逆，而是祂真实人性挣扎与甘心顺服的表达。这说明祂拥有一个与神性不同却完全顺服的人性意志。与此同时，耶稣在约翰福音中说：“我与父原为一”（约10:30），以及“还没有亚伯拉罕，就有了我”（约8:58），也清楚地表明祂是神性位格，与父和圣灵共享同一神圣的意志。
虽然主耶稣具有两种意志，一是祂作为神的永恒儿子所拥有的神圣意志（voluntas divina），另一是祂在道成肉身时所取上的真正人性中所具有的人性意志（voluntas humana），但这两种意志并非彼此冲突、竞争或各自独立运行的两个主宰。祂的人性意志从不抵触神圣意志，而是在祂这独一的神圣位格中，自愿顺服、全然一致地成就救赎的使命。
这种顺服并非出于强迫，而是出自祂无罪人性对父神完全的信靠与爱慕。基督的人性意志并没有试图脱离神性而自行其是，反而在自由中完全配合祂作为神子所具有的神圣意志所定之旨意。这正是救恩的奥秘之一：祂并非象征性地“扮演”顺服，而是在真实的人性之中经历挣扎，同时甘心顺服父的旨意，正如祂在客西马尼园中所祷告的那样（参路22:42）。
然而，一些异端，如单意志论（Monothelitism），否认基督有人性的意志。他们认为，若基督有两个意志，就意味着祂是两个位格。教会坚决驳斥这种观点，因为这实际上是否认了基督真实完整的人性。若基督没有真实的人意志，就无法在人的地位上顺服天父，祂的赎罪也就无法真正替代人类的悖逆。真正的顺服必须来自一个真实的人意志，自愿地顺从上帝的旨意。正因如此，基督在祂人性中完全顺服，成就了亚当所失败之处，成为“第末后的亚当”（参罗5:18–19、林前15:45）。
同时，也必须避免另一种错误——混合意志或复合意志的说法。这种主张会混淆祂的神性与人性，违反了迦克墩会议所设立的教义界限。一个“折中的意志”既不是真正的神性意志，也不是真正的人性意志，结果就是让基督既不是完全的神，也不是完全的人。这种错误理解会破坏道成肉身的真理，也摧毁救恩本身。改革宗信仰对此有明确界定，例如《西敏信条》第8章第2条指出：“神的儿子……既是真神，又是真人，永远以两种完整、彼此不同的本性，联合于一个位格之中。”
因此，耶稣基督虽然是一位格，却拥有两个意志（Dyothelitism）。这是基督教的一项教义，宣告耶稣基督既完全是神，也完全是人，因此在祂独一的人位中具有两个彼此区分却和谐一致的意志, 一个神性的意志和一个人性的意志。此教义由第三次君士坦丁堡大公会议Third Council of Constantinople（主后 680–681 年）正式确立，用以反对一意论（Monothelitism，主张只有一个意志）的异端，并维护基督具有两种本性（完全的神性与人性）的正统信仰。
在基督里，只有一个位格（hypostasis），而这一个位格就是永恒的圣子，就是那太初的道（Logos）。这位圣子只有一个位格，并非存在于两个位格之中，而是在祂独一的位格中承载两种完全的本性，即完全的神性与完全的人性。正是这个位格，使两种本性得以真实而不可分割地联合在一个位格之下，并成为一切行动与意志的同一行动主体。
第三次君士坦丁堡大公会议明确教导：“duas naturales voluntates”（即两个自然的意志）。意志乃是本性的固有属性，而非位格的属性。其理由在于，每一种真实的本性都必然具备与其本性相称的意志。就人性而言，真正的人性必然包括人的理性心智与人的意志。因此，若基督缺乏人的意志，祂便不具备完全的人性，这将直接否定祂真实取了人性的正统基督论。
耶稣基督作为神子，自永恒就拥有神圣的意志；而在道成肉身之时，祂又取了人性的意志。这两种意志并非彼此对立，也非竞争关系，而是始终处于完全和谐之中。祂的人性意志甘心顺服祂的神性意志。这种“双意志”的基督论既护卫了祂完全的神性，也坚守了祂完全的人性，确立祂作为完全救主的独特身份：祂能以真实顺服代替我们人的不义，又能以神的大能，拯救我们脱离罪恶与死亡。
但祂(主耶稣)被称为“父的仆人”（赛 42:1 及其他经文）；又说祂“在智慧和身量（年龄），并神和人喜爱祂的心，都一齐增长”（路 2:52）；又说祂“不求自己的荣耀”（约 8:50）；又说祂“不知道那日子”（可 13:32；参太 24:36）；又说祂“不是凭自己说话行事”（约 14:10），并且“不遵行自己的意思”（约 6:38）；又说祂曾被“看见并摸到”（路 24:39）。这一切都只就基督的人性而言。就祂是神来说，祂不可能在任何事上有所增长，凡事都是为自己而行；没有什么对祂是隐藏的；祂凡事都照着自己旨意的定旨而行，也不能被看见或被触摸。然而，祂并未将这些特性仅仅归于自己的人性，而是以中保之位格之和谐为前提，将这些特性归于自己。引自英文版加尔文《基督教要义》卷二第十四章第四节。). Institutes of the Christian Religion (J. T. McNeill, Ed.; F. L. Battles, Trans.; Vols. 1 & 2, pp. 483–484). Westminster John Knox Press.
But he is called “the servant of the Father” [Isa. 42:1, and other passages]; he is said to have “increased in age and wisdom … with God and men” [Luke 2:52], and not to “seek his own glory” [John 8:50]; b“not to know the Last Day” [Mark 13:32; cf. Matt. 24:36]; not to “speak by himself” [John 14:10], and not to “do his own will” [John 6:38 p.]; he is said to have been “seen and handled” [Luke 24:39]. aAll these refer solely to Christ’s humanity. In so far as he is God, he cannot increase in anything, and does all things for his own sake; bnothing is hidden from him; he does all things according to the decision of his will, and can be neither seen nor handled. eYet he does not ascribe these qualities solely to his human nature, but takes them upon himself as being in harmony with the person of the Mediator. Calvin, J. (2011). Institutes of the Christian Religion (J. T. McNeill, Ed.; F. L. Battles, Trans.; Vols. 1 & 2, pp. 483–484). Westminster John Knox Press.